Il nome deriva dal martire cristiano Miniato cui fu dedicata un'antica chiesa nel VI secolo e attorno alla quale sorsero le prime strutture urbane. Sin dai tempi di Ottone I fu sede del Vicario imperiale. Qui dimorò in vari periodi la corte di Federico I Barbarossa, per cui ancor oggi viene chiamato San Miniato al Tedesco e Federico II, nella prima metà del XIII secolo, ne fece il cardine di un sistema strategico a controllo della Toscana centrale, della Via Francigena e della Via Pisana. Federico Il realizzò un moderno sistema difensivo imperniato su un circuito murario di forma trapezoidale, il cassero, collegato a una roccaforte posta sulla sommità del colle. Qui sorgeva il palazzo imperiale, fondato dopo la metà del XII secolo e la cattedrale di S. Maria, documentata verso la fine del XIII secolo. La configurazione urbana di San Miniato nel medioevo si fondò su due poli, la rocca imperiale e il borgo. Nel Cinquecento una serie di edifici civili come Palazzo Formichini, Palazzo Piccolo già Franchini, Palazzetto Roffia, Palazzo Buonaparte e infine il Seminario denotano l'influenza artistica del Rinascimento fiorentino e anche la produzione pittorica vede artisti legati alla corte medicea come Jacopo Chimenti detto l'Empoli e Ludovico Cardi detto il Cigoli.