In materia di integrazione scolastica degli studenti/alunni in situazione di disabilità la Provincia di Pisa con l'Ufficio scolastico provinciale di Pisa, i Comuni, le Aziende USL dall'anno 2004 hanno sottoscritto un Accordo di programma di durata triennale. Essendo scaduto quello sottoscritto il 6 luglio 2011 ed essendo state avanzate richieste di aggiornamento ed integrazione dai soggetti interessati e sopratutto da parte del terzo settore, è stato istituito un tavolo tecnico interistituzionale che ha elaborato un nuovo testo, esaminato ed approvato dalla consulta provinciale dell'handicap nella riunione del 5 giugno 2014. Dopo il recepimento e l'approvazione del nuovo accordo di programma da parte della Giunta provinciale in data 11 giugno 2014, con la delibera n. 113, si è proceduto alla sottoscrizione del testo da parte degli Enti firmatari.

Il testo sottoscritto è consultabile nella parte relativa agli allegati.

Dall'a.s. 2012-13 la Regione Toscana ha assegnato alle Province fondi destinati a finanziare interventi di inclusione per studenti disabili iscritti alle scuole secondarie di secondo grado, ovvero le sole attività di trasporto scolastico per l'a.s. 2012/2013 e dette attività insieme con quelle di assistenza socio-educativa dall'a.s. 2013/2014.
A partire dall'anno 2015 è stato inoltre istituito uno specifico fondo nazionale destinato alle funzioni di trasporto e assistenza socio-educativa per gli studenti disabili nelle scuole superiori (nell'anno 2016 il fondo ammontava a 70 milioni di euro).