Con il Decreto ministeriale PT 001250 del 9 maggio 2003, si è aperta una nuova fase di gestione del Patto Territoriale, che approvando il riutilizzo della somma complessiva di euro 4.908.406,37 pari alle economie conseguite sulle rinunce volontarie pervenute durante l' attuazione del Patto al netto della ritenuta del 20%, ha consentito l'apertura di un nuovo bando pubblico per nuove iniziative imprenditoriali.
Il 10 Agosto 2005 le domande ritenute ammissibili sono state trasmesse alla MPS Banca per l'Impresa S.p.A, soggetto istruttore, per la determinazione della graduatoria definitiva e dei relativi contributi concedibili alle aziende.
L'istruttoria bancaria si è conclusa con la trasmissione dell'elenco dei progetti ammissibili al Ministero delle Attività Produttive avvenuta con nota del 27 febbraio 2006.

Con Decreto n. 5448 del 19 aprile 2006, il MAP ha approvato gli esiti istruttori, trasmessi da MPS.
I soggetti beneficiari hanno sottoscritto, il 26 giugno scorso, l'atto di stipula della rimodulazione, impegnandosi, pertanto a realizzare i progetti di investimento risultanti dall'istruttoria bancaria. Oltre ai soggetti su menzionati il documento è stato sottoscritto da tutti gli enti coinvolti, a vario titolo, nella realizzazione dei progetti agevolati.

Il Ministero dello Sviluppo Economico con Decreto n. 5773 del 21 luglio 2006 ha impegnato in favore della Cassa Depositi e Prestiti le risorse necessarie per la realizzazione delle iniziative agevolate.